Le film commence dans un vaisseau volant. On y voit Escaflowne à l'intérieur dans un état de repos recouvert par une couche de Terre. Van arrive par les airs sur ce vaisseau pour récupérer Escaflowne. Il tue tout l'équipage mais il n'arrive pas à reprendre le contrôle total d'Escaflowne dans le vaisseau.

On retourne ensuite sur la planète Terre avec Hitomi étendu sur le sol. Elle repense à un rêve qu'elle avait eu étant petite où elle voyait une personne vétue très étrangement et qu'elle seule avait pu voir. LE lendemain elle doit allez faire les magasins avec une de ses amies, alors qu'elles rentrent, elle aperçoit des ailes dans le ciel, ce qu'elle perçoit comme un appel. Alors qu'elle est sur un escalier, elle entend une voix et se dirige vers elle. C'est Folken qui cherche à la persuader de venir sur Gaea. Après cette discution, elle est prise dans de l'eau et elle se retrouve comme par magie dans Escaflowne sur Gaea. Le vaisseau où est Escaflowne s'affroche d'une falaise où se trouve Allen qui fait feu sur le vaisseau pour qu'il s'écrase. Van est alors propulsé hors du vaisseau et Escaflowne en ressort pour se diriger vers Van. Alors qu'il est juste devant lui, Escaflowne s'accroupit et s'ouvre pour laisser sortir Hitomi. Van s'agenouille devant elle pensant que c'est la " déesse des ailes ". Escaflowne disparait devant leurs yeux. Van pense alors que c'est Hitomi qui l'a fait disparaître et veut se venger en la tuant mais Allen arrive à ce moment là et l'empêche d'agir en le combattant. Allen lui propose ensuite d'aller se reposer dans leur caravane de marchandise mais celle-ci s'évanouit.

Pendant ce temps-là, Folken parle avec sa pretresse, celle-ci l'informant qu'Hitomi avait déjà parlé à Van. Folken lui rapella alors qu'Escaflowne aura besoin d'elle pour fonctionner correctement.

Hitomi se réveille enfin avec l'aide de Milerna qui lui fait bien comprendre que ce n'étais pas un rêve. Elles font connaissance et Millerna luiexplique leur situation de résistance face au clan des dragons noirs. Hitomi commence ensuite à se promener dans le vaisseau tandis que Van et Allen discutent entre eux. Allen lui demande de la protéger contre le clan des dragons noirs mais celui-ci est hésitant après avoir vu Escaflowne disparaître. Hitomi rencontre Merle dans les écuries et elles commencent à parler pour savoir si Hitomi est belle et bien la déesse tant chercher mais elles sont interompu par un hermite. Celui-ci lui arrange son pendentif pour qu'elle puisse le porter autour du coup. Merle commence ensuite à lui parler de l'enfance de Van. Qu'il a du être roi alors qu'il n'était qu'un enfant et que son frère est son pire ennemis, le dirigeant des dragons noirs.

Le convois est attaqué par les troupes des dragons noirs menés par Dilandeau. Un ennemis parvient à s'emparer d'Hitomi et l'enmene loin du convoi mais il est poursuivi par Van. Le combat cesse alors dans le convoi. Van finit par rattraper l'ennemis et recupère alors Hitomi. Il parle à l'assaillant et il se trouve que c'est un habitant de ses terres d'origines qui a mal tourné. Van veutle laisser partir mais c'est à ce moment que Dilandeau le tue de sang froid. Un combat commence alors entre eux deux à coup de magie, Hitomi tombe car le sol s'est dérobé sous ses jambes. Van vole alors à son secours en déployant es ailes et la repose à Terre, mais celui-ci est blessé.

Dilandeau rentre alors dans sa base et Folken le maltraite car il n'a pas rempli sa mission, celui-ci lui dit qu'il doit être plus puissant pour mieux accomplir sa mission, pendant ce temps-là, Hitomi rencontre Jajuka qui lui dit delaisser Van mourir mais celle-ci veut être là pour lui et refuse qu'il meurt.

Un peu plus tard, on retrouve Hitomi et Van dans un petit village où Van se fait soigner. Il en ressort en pleine forme, il raconte à Hitomi son passé. Qu'il doit tuer son frère pour le bien de son peuple car Van a été choisi à la place de son frère pour devenir le roi.

L'histoire continue dans une ville où est Escaflowne, Van y va avec Hitomi étant persuadé de retrouver Allen et les autres. Ils arrivent dans un bar où il rencontre Dryden. Ils se retrouvent tous dans une salle, Hitomi va les aider à récupérer Escaflowne mais Dryden se souvient que dans le passé, Escaflowne avait détruit leur planète.

Hitomi est appellé par la pretresse pour que Folken puisse la contrôler mais Van arrive à temps pour la ressaisir. Dilandeau arrive alors avec son Guymelf inscendiant la ville. Escaflowne apparait alors, sortant du pendentif d'Hitomi. Van prend alors les commandes et part pour vaincre Dilandeau. Un grand combat commence alors et Van en ressort le vainqueur.

Malheureusement à la fin du combat, l'armure prend le pas sur Van et devient alors surpuissante et veut tout détruire. La prophétie allait donc bien se produire, tout le monde en était sur. Hitomi se dresse alors sa route et l'empêche de nuire en le ramenant à la réalité.

A ce moment-là Escaflowne se transforme en dragon et s'envole vers Folken. Folken s'attend a mourir mais il souhaite tout de même réaliser son rêve et détruire le monde. Van et Hitomi arrivent devant Folken, celui-ci veut tuer Van et l'attaque avec de la magie. Van ne riposte pas pour ne pas jouer son jeu, Hitomi s'interpose entre eux et se prend une attaque magique. Heureusement elle n'a rien, Jajuka arrive alors derrière Folken pour le tuer. Celui-ci le tue au prux de sa vie. Escaflowne disparait de nouveau et le château tombe en ruine, la pretresse leur dit de s'en aller grâce aux ailes de Van, ce qu'ils font bien évidemment. Folken est donc battu et la paix peut enfin revenir sur la planète et Hitomi rentre chez elle sur la planète Terre.